JR funcion puedes usarlo si la funcion a la que llamas "no esta muy lejos" de la posición desde donde la estas llamando (al ser salto relativo, 127 bytes hacia arriba o hacia abajo). Para poder llamar a una función sin importar donde se encuentre se usaría JP funcion.
CALL funcion funciona igual que JP pero puedes volver a la posición desde donde la llamaste usando un RET al final de la función, porque el CALL almacena la posicion en la que te encuentras en la pila y RET la recupera.
(Creo que para JP no funciona el RET pero no estoy segura del todo).