Al intentar abrir winape me aparecía el emulador parpadeando y era imposible trabajar con el. Lo he solucionado cambiando el display server de wayland, que viene por defecto en gnome, por Xorg (x11).
Para comprobar si vuestro display server es correcto ejecutar esta linea en un terminal: echo $XDG_SESSION_TYPE. Debería de aparecer en el terminal x11, si no es el caso podeis probar a cambiarlo como lo explica el siguiente tutorial:
Por si a alguien le sirve de ayuda